方舟子在转基因问题上的十大谎言：
谎言之一：转基因大米中不含Bt蛋白
谎言之二：Bt蛋白是没毒的
谎言之三：基因不会转到人体细胞
谎言之四：种植转基因作物可以减少农药使用
谎言之五：美国人大量地吃转基因食物
谎言之六：权威机构认为转基因食品是安全的
谎言之七：我国的转基因审批是偏严的
谎言之八：科学界从来没有说DDT、瘦肉精是安全的
谎言之九：转基因玉米更有益健康
谎言之十：普兹泰的小白鼠实验结论不成立
方舟子还说：偏见不仅仅源于无知，而且还会导致无知
《新世纪周刊》：署名张宏良的文章《广西抽检男生一半精液异常，传言早已种植转基因玉米》，网文用耸人听闻的标题、极富夸张色彩的语言，迎合了公众对转基因业已存在的误解和恐惧情绪，愈发让人把转基因技术视为洪水猛兽。
《三联生活周刊》土摩托：据说有个左派网站叫做“乌有之乡”，整天骂美帝国主义。可我去了IRRI才知道，真正帮助发展中国家穷人的，还就是美帝国主义。
土摩托：绿色和平组织和少数专家学者站出来充当了老百姓的意见领袖，对转基因农业的服务对象和服务效率都提出了质疑，声称转基因技术是大公司赚钱的工具，其潜在危害尚未可知。
中国农科院一位要求匿名的专家说，现在老百姓对转基因安全的疑问这么大，农业部、转基因专家为什么不拿出实验数据？公开实验结果？对于国际上宣传的那些错误说法，比如各种各样的证明所谓转基因食品不安全的实验证据，科学家、农业部要正面反驳，把老百姓的疑问解释清楚。但“在这方面，专家和农业部官员做得很差。”这位专家说。《经济观察报》：《湖南转基因水稻非法稻种私下流转 公众莫名恐慌》[2010年05月22日 09:52]
农业部基因生物安全委员会三名委员近期做客人民网时，则批评媒体和公众的负面舆论，阻碍了转基因作物的商业化进程。他们宣传的转基因水稻的两个好处，一是减少农药用量，二是会增加产量。
农科院研究所所长林敏：“迄今尚未发生具有科学实证的转基因食用和环境安全问题”，所谓转基因技术可以“实现更为精准、快速、可控的基因重组和转移”
林敏：转基因古已有之，自然界随处可见。林敏举例，一棵树长瘤子，是由于农杆菌转基因造成的，劳动人民在很早的时候就利用了这种转基因现象。
转基因科学家贾士荣回答：“列宁说过，一个愚蠢的人提的问题，100个聪明人也回答不了。”
贾士荣是中国农科院生物技术所研究员，他的一个转基因水稻正在参与商业化种植申请。他反驳说：“我想请教那些反对者，他如何回答几十年以后的事情？科学在现有的水平上认为是安全的，就是安全的。科学是动态的，说不清几十年后的事情。但如果以后出现了问题，科学会解决它。”
他举了个例子：这就像汽车刚发明的时候，欧洲有个国家认为汽车速度太快，不安全，于是立法禁止。但汽车照样出现了，而且成为人们的主要交通工具。回过头来看，那样的立法就是愚蠢的。
中科院院士陈晓亚：目前没有任何证据表明现已批准的转基因食品对人畜不安全
各大媒体普遍对转基因水稻乃至所有转基因作物的安全性发出质疑之声。而处于风口浪尖上的两个当事人——奥瑞金股份有限公司董事长韩庚辰以及华中农业大学张启发教授在接受《英才》记者采访时均表示：由于一些机构和媒体的误导与炒作，使得消费者已经对转基因作物产业化和转基因食品安全的认知及心理状态产生了很大的负面影响。
“中国的转基因搞成这样，媒体有很大责任。”韩庚辰向《英才》记者抱怨道。
张启发对《英才》记者表示，水稻有4万多个基因，其带领的科研团队所转入的只有一个基因，它只赋予水稻抗虫的功能，并没有、也不会改变水稻基因的其他功能。在人食用水稻的胚乳（即大米）中，该抗虫基因产物含量极低，只在害虫食用的水稻茎叶中显著表达。人类摄入食物的基因不会改变人的基因。
张启发还强调，食品、饮用水等相关国家标准中，对人体无毒的B t蛋白在转基因大米中的含量，比国家标准规定的食品中的亚硝酸盐含量还低。亚硝酸盐是实验证明的中度毒性、高度致癌性物质。担忧VS趋势从1996年到现在，已有25个国家批准了24种转基因作物商业化种植。
在持续出现的质疑声中，转基因水稻安全证书的获得者——华中农业大学教授张启发一改低调，在1月6日宣布，“转基因水稻最迟5年内走上中国人的餐桌”。
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