方舟子的主要观点和我的批驳如下。
方舟子：钱伟长从未参与“两弹一星”工作，更不是“两弹一星”元勋。
方舟子说钱伟长从未参加“两弹一星”工作的唯一根据是钱伟长1957年被划为右派。这个推理存在逻辑错误，换言之，方舟子缺乏严谨的逻辑思维。第一，右派完全可能参加“两弹一星”工作；第二，就算打成右派后钱伟长没有参加两弹一星工作，不能证明他在之前没有参加。两弹一星工程的参与者数以万计，钱伟长如果没有参加那才是怪事。
杨金志、俞菀写的《“祖国的需要就是我的专业”——追记与世长辞的钱伟长教授》提到“两弹一星”元勋的说法，如果理解为说钱伟长是国家表彰的23位“两弹一星元勋”之一，这是记者的错误。这篇纪念文章是钱老去世后两名记者写的，方舟子总不能把这个错误怪到他身上吧？而且，"元勋"一词是汉语里早就有的，并不是一个头衔。只要做出过突出贡献的人，都可以称为元勋，也就是一种精神上的鼓励而已。两弹一星这么浩大的工程，做出突出贡献的决不止23人。
方舟子：钱伟长的论文研究的是“弹性板壳的内禀理论”。无资料表明爱因斯坦对应用力学特别感兴趣。困扰爱因斯坦多年的是统一场这个物理学最大的问题，不太可能被一个供研究生研究的三级学科问题困扰多年。
钱伟长的力学研究成果完全可能得到爱因斯坦的关注和赞赏。爱因斯坦的引力理论（弯曲空时）需要张量分析、微分几何等数学工具，而应用力学用的是类似的数学。因此钱伟长提出的数学方法（用于材料弯曲）完全可能对爱因斯坦有用。方舟子不应该不懂数学、物理，却对这种硬科学（HARD SCIENCE）领域的问题大放厥词，更不应该试图以此否定钱老的杰出成就。
方舟子：[钱伟长]自诩“我自己没有专业，中国的需要就是我的专业”，就成了个人悲剧。不过，从与胡海昌院士争夺广义变分原理首创权不惜进行人身攻击的恩怨看，钱伟长其实还是很看重自己的专业地位的。
方舟子用“自诩”一词，明显带有贬义。这又何必？搞科学的，黄金创造期往往就那么一段时间，爱因斯坦、狄拉克后来一直都没有什么成就，但没有人否认他们以前的贡献。科学界当然应该是新人超过老人，否则人类文明就不能进化了。但这不等于说我们可以不尊重前辈。科学家也是有血有肉有情感的人，捍卫自己的名誉、成就无可非议，真理是辨出来的。方舟子自己搞了那么多年生物研究，就只在JBC上发表可怜巴巴的一篇论文（而且那篇论文的真实性还存在很多疑问），不照样自称生物科学家、指东打西？不少人就方舟子的论文提出疑问，我请方舟子出示其实验原始数据--用科学的态度拿出来秀一秀、给大家评估评估不好吗，方舟子的反应也是气急败坏嘛。
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