1.中医不科学，必须以西医的方式看待中医。
分析：中医其实就是一门实践科学。至于规律，将其归为阴阳五行里边，经过千百年来证实，这个归类是合乎事实的。至于有没有阴阳五行，或者阴阳五行到底是什么，现代科技解释不了，古人也没有完全解释得了，到目前为止只是个抽象概念。西方科学只是个新生事物，一切用那种不成熟的标准去解释，显得是多幼稚可笑。
其实，我觉得，方舟子并不是认为中医不科学， 只是觉得，中华文化没有必要保留，需要使用以西方为主的科学技术，而这些科学技术，西方有话语权，有专利权。只不过希望把中国事关生命的医疗事业交给西方控制罢了。
2.方舟子支持转基因。转基因食品来源于西方的科学研究。并未经过多少年的实验，也没有证明对人身体没有潜在危害或者安全风险。对于这样一个未定的东西，方舟子并不顾他的所谓“科学”理论，却强调，用他“科学”检验出来的转基因是无害的。我不得不再次申明，西方的科学才几百年历程，而且在科学发展的过程中不断修正。现在认识到的科学原理，并不一定就是真理。只有经过实践检验了之后才能成为科学这里。可是就是这个不成熟的产品，方舟子却极力推荐和煽动。谁敢说转基因食品不能像当初感冒药中的PPA一样，当时认为是安全的，最后发现这种物质那么多的危害？
说到底，方舟子跟声称要废除中医使用西医一样，让西方获得科学技术的话语权，只不过把范围扩展到了事关中国病人生命健康的范围，扩展到了中华民族的粮食安全和身体健康，乃至子孙后代的安全和健康上。一是把粮食经营的经济权交给西方，让西方来控制，另一方面，让中国人做西方的小白老鼠，作为实验品，更可以把安全系在西方人的手里，随时可以在基因里转点什么东西（因为他说过，想转什么是可控制的），可见此人的阴险之心。把中国人的一切都交给西方了。
3.方舟子说地震不可预报。说句实话，中国有记载的准确地震预报有好几次，不过都是在文革时期。因为体制问题，那时候用的是群防群治，获得了不错的效果。因为改革开放了之后，中国就跟进了西方，更注重建筑的加固，减少了对预报的投入。但是这种情况，对占有人口多数的农村，却是一个巨大的威胁。毕竟国家不可能给农村都建一个非常坚固的房子。但是这个工作不管是官方，还是民间都在继续。取得了不错的效果。
而方舟子却极力打击中国地震预报的积极性。说是以西方主流（美国）不能预报，中国也肯定不能预报。还说这是科学根本解决不了的问题，超出了科学的范围。我不明白，既然不能预报，为什么中国在70年代有好几次都预报准确了（只有海城被外国所承认，其他预报的几次是在云南和贵州）。方舟子信口胡说，说什么是瞎猫碰见死耗子。那为什么外国都碰不到呢？为什么几次都碰对了呢？唐山地震的时候，是因为地震专家的争议，正在争议的时候，地震发生了。而附近的青龙县，却早一步发布信息，也算不幸中的幸运，挽救了多少人啊！
我认为，方舟子对地震方面的言论，不是因为他认为地震不科学，而是方舟子认为，中国地震的研究，不能超过西方，必须以西方为主导。西方不能预报的，中国怎么能预报呢？这样，中国必须向西方购买技术，西方也必须完全掌控中国。中国在天灾方面，必须是西方想让你活你就能活，西方想让你死你就死。其实也就是这么一个想法和做法。
纵观方舟子前后的言论，个人觉得，这个人最初的打假，只是一个为自己头上放光环的行动，在获取国人的信任之后，就开始忽悠大家。其实他很明白众多中国人的心理。中国人重感情，只要有了感情倾向，那么就比较容易信任谁，哪怕这个人说错话，也就是现在播放的奴才剧中的奴才，皇帝死了，他还对皇帝忠心耿耿。可以说，方舟子利用这些情感，已经获得了不少人的信任。
但是，他却没想到，更多的中国人在毛主席的教育下，在之后的自我学习中，当然明白帝国主义及其走狗的狼子野心，当然知道他们是在做什么。
方舟子迷惑不了大众，他只是一个帝国注意派来的并不成功的走狗而已。现在除了歇斯底里，已经没有多少人认同他了。
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