这一过程十分隐秘：一家国外通讯社最早发现这个消息时，它被摆放在一家“几乎很少更新”的专业网站上，混杂在“2009年第二批农业转基因生物安全证书批准清单”中，连几乎每天都要去看一眼的绿色和平组织工作人员都没发觉。
该安全证书由全称为“农业部农业转基因生物安全管理办公室”的部门颁发。获得证书的是华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室的转抗虫基因水稻“华恢1号”及杂交种“Bt汕优63”。证书自2009年8月17日起，有效期为5年。据此，这两个水稻品系将可以在湖北省境内成规模种植。
对于安全证书的颁发过程，农业部只提供了一份简短的书面回复。根据这份回复，证书发放是“经过严格的实验研究、中间试验、环境释放、生产性试验和申请生产应用安全证书等5个阶段的多年安全评价，依据农业转基因生物安全委员会评价结果”作出的决定。
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这份回复，使普通人开始关注“农业转基因生物安全委员会”这个听上去十分专业的机构。
有很多证据都表明这个委员会的重要性。资料显示，它的设立，根据是《农业转基因生物安全管理条例》，组成人员则是“从事农业转基因生物研究、生产、加工、检验检疫、卫生、环境保护”等方面的专家，每届任期3年。前一次换届，新华社曾专门就此发布消息。
不过，人们很快发现，这个拥有数十名成员的庞大机构，平常人根本难以触及。尽管许多人努力地寻找它的成员身份，网上也充满各种询问和打探，但都没有结果。连这个机构最早成立的时间，外界都很难查到。
中科院植物研究所首席研究员蒋高明认为，作为转基因作物生产安全证书发放前的最终环节，该委员会的作用不容小视，而这个证书则是“转基因作物上市前最难突破的关口”，如果有谁能担保转基因食品不会出现问题，那么“我们请求公布这些专家的名单”。
这个请求无人理睬，蒋觉得这一切“是暗箱操作”，他认为，这说明相关人士对转基因水稻“自己也没底”。
绿色和平组织的工作人员，曾花费很多时间来搜索这个委员会的信息。最终，他们只在中国农业大学的校园网上找到一篇新闻，透露该校的5名研究人员被聘为第三届生物安全委员会委员。
绿色和平组织负责农业项目的官员方立峰觉得，与转基因相关的整个共同体都失声了。这种失声，成为人们的质疑重点。
作为一家民间机构，绿色和平一直强烈反对转基因粮食作物的种植。“我们一直希望，这种关系到人们生命安全的信息应该公开，人们即使不能决策，起码该有知情权。”该组织这样解释其立场。
而与民间组织的活跃相比，事涉其中的政府机构与科研人员，则显得极为低调。
蒋高明是为数不多愿意公开表态的专家之一。他的研究领域与转基因技术无关，是生态农业，这让蒋高明觉得有点尴尬，因为那些更应该表态的人“实在太安静了”。
“由于转基因食品的安全问题至今还存在争论，对转基因水稻的审批起码应该透明。”他通过博客和发表文章数次呼吁。不过，他没有收到任何反馈，无论是赞同的还是反对的。
事实上，在媒体将各种质疑重复了几遍以后，农业部工作人员在电话里表示，“现在各大媒体、部属媒体和地方媒体都已经不再炒作此事了。”
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人们要求知情权和信息公开的声音背后，是对转基因食品一直存在的巨大忧虑。人们担心，经过转基因的作物，在被人类食用以后，会不会有“无法预料”的后果。
新获得安全证书的“Bt汕优63”转基因水稻，被认为可以杀死昆虫，并且防治虫害。针对这一特性，网上最常见的攻击是这样开始的：既然虫子都不能吃的东西，人能吃吗？
这个质疑已经被专业人员化解。中国水稻研究所一名研究员表示，这种导致昆虫死亡的基因，针对的是某种昆虫特有的基因编码的蛋白质，不会对人造成危害。
为了证明这种作物的无害性，早在获得安全证书以前，参与研究的华中农业大学研究员林拥军就曾表示，对这种转基因水稻，他们先后在小鼠、大鼠等身上进行了毒理试验，并没有发现任何问题。
这种论调，也在网上引起攻击。一种质疑是：“你们能把人当老鼠吗？”
尽管并不掌握完整的科学信息，人们仍然无法消除对于这种人工作物的忧虑。许多人在网上将批准生产转基因水稻视作“科学研究”突破了“道德底线”，并为自己的健康感到担忧。
事实上，关于转基因作物是否存在危险，国内外的科学界一直没有定论。相左的证据不断出现。反对者引述国外科学家的报告称，实验中，幼鼠食用转基因土豆后，内脏免疫系统受到了损害。但支持者的实验结果则与此相反，是“丝毫没有出现损伤”。
保守的国家和地区，比如欧盟，因为科学家无法提供证据证明转基因作物确实无害，因而严格地限制转基因作物的种植和进口。在美国和中国等国家，因为反对者同样无法提供证据证实转基因作物有害，政策一直倾向于推广转基因作物。
之前，番茄、棉花、大豆等转基因作物已经在我国大面积推广，并且一度在防治病虫害等领域取得了辉煌的成绩。但对水稻等主要粮食作物，几乎所有国家都采取了谨慎态度。
中国水稻研究的权威袁隆平表示，他本人的学生也参与了水稻转基因的研究。不过，不久前，袁隆平公开表示，政府应该特别慎重批准转基因植物商业化。他的理由是，科学家不能完全预知对生物进行基因改造，有可能导致何种突变。
“虽然实验非常成熟，但其对人类可能造成的影响，或许要在未来几代人后才显现。”袁隆平说。
在这种情况下，国内一些转基因项目的研究者，曾反复抱怨他们的研究成果市场化被“过于严格”的审批过程阻挠。
对于转基因技术，还有很多别的质疑。许多科学家担心，如果转基因作物的基因通过授粉等途径向四周“漂移”，可能会引发生态危机。另一个质疑指出，在推广转基因棉花时，因为管理混乱，棉花种子来源很杂，许多都没有得到正式的评估和批准，有人甚至说不出自己所种的棉花来源。人们担心，和穿在身上的棉花相比，最终要吃进嘴里的水稻，如果管理不善，可能会引起不可知的危险。
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2008年，农业部官员曾表示，生物安全委员会每年举行两次例会，会上每次都要讨论“是否批准转基因水稻”的问题，始终无法通过。当时该委员会还是第二届，委员共有74名，有成员在接受采访时表示，转基因技术“出发点是好的，效果是很明显的，但危险是不能预计的”。
不过，说这番话之前，2008年4月，农业部已经完成为修订《农业转基因生物安全管理条例》而进行的调研。媒体报道，这次调研的结果是，认为应该“在科学、安全的前提下，适当简化原先过于复杂的审批程序，缩短转基因作物上市的过程”。此举被视为针对转基因水稻而作，标志着“转基因水稻商业化提速”。
也有人注意到，早在2007年，关于转基因作物发展的16字方针已经从“科学规划，积极研究，稳步推进，加强管理”调整成“加快研究，推进应用，规范管理，科学发展”。这个转变没有引起太多人关注。
随着“提速”的开始，只过了大概一年时间，之前被认为存在“危险”的技术，就悄无声息地被批准生产。
相关部门对转基因水稻种植的许可，被认为是国家一个长期工程的必然结果。在2004年公布的《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006~2020）》中，“转基因生物新品种培育”被定为16个重大专项中的一个，总预算超过200亿元人民币。
从那时起，转基因就“变成了非常热的研究领域”。蒋高明评价：“不管发现出了什么问题都不会停，因为钱一开始花，就停不住了。”
此次得到安全证书的项目，据悉自1995年起就开始进行研究，2003年至2004年已经完成了生产性试验。该项目的研究人员曾表示“不希望无限地等下去”，因为一个现在很有优势的品种，若干年后就可能丧失其竞争力。
如今，他的希望已经成真。尽管农业部在回复中强调，该转基因水稻“还要通过品种审定并获得种子生产和经营许可证，方可进入商业化生产应用”，但当消息传出时，与种子生产有关的3家上市公司股票应声暴涨。
农业部评价称：“这是我国转基因技术研究取得的具有自主知识产权的重要成果，为商业化生产打下了良好基础。”
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