日本战败投降后，理应受到法律制裁的731部队战犯在美国的庇护下，非但没有受到审判，反而继续着恐怖的人体实验。
1945年8月苏联红军出兵中国东北，731部队匆忙放弃人体实验，逃回日本。731部队头目石井四郎在逃跑前下达杀人灭迹的命令，炸毁设施并杀害所有供实验用的犯人。他还要求731部队每个成员“把秘密带到坟墓中去”。尽管如此，苏军还是捕获一些731部队成员，但石井四郎和北野政次等关键战犯逃脱了苏军追捕。
石井四郎逃回日本后在老家千叶县导演了一出自己的葬礼。但没多久他和其他多名原731部队成员被美国逮捕。1945年9月，美国著名微生物学家默里•桑德斯中校抵达日本横滨，此行他代表美国生物武器中心秘密调查细菌战活动。桑德斯找到日本一些原731部队成员，这些人怕被送到苏联受审，写了一份日军细菌战进展的资料。桑德斯立即上交给驻日美军最高统帅麦克阿瑟，麦克阿瑟对此事很重视，他想通过给予原731部队成员免予起诉来换取基于人体实验的细菌武器资料。
石井四郎及其部下对美国的意图心领神会。1946年石井四郎等人设法同美方谈判，最终获得免于被推上东京审判战犯席的待遇，为此他们得向美方交出关于人体实验的全部资料。另一方面，美国不想让其他国家尤其是苏联获取有关细菌武器的资料，原731部队成员的活动受到严密监控。日本作者青木富贵子撰写的《731——石井四郎及细菌战部队揭秘》一书称，一个是自我标榜为民主自由楷模的美国，一个是自诩崇尚武士道精神的日本，这两个国家二战期间殊死战斗，但战争刚结束就为了细菌武器迫不及待地秘密合作起来，而细菌武器是《日内瓦议定书》明文禁止使用的。
与此同时，苏联展开对战时日军细菌武器实验的调查，经过深入调查，苏联发现日军在1939年诺门坎战役期间曾使用细菌武器以及731部队疯狂研发细菌战武器的事实。出于复仇和掌握日军细菌战技术资料的双重考虑，苏联向美国索要原731部队战犯。但美军细菌武器研究机构极力反对交人，德特里克堡(美国生物武器项目研究中心)负责人埃德温•希尔博士在报告中称，原731部队成员的资料“绝对是无价之宝”，由于美国对人体实验有顾虑，美国自己不可能研究出这样的数据，而通过这些原日军实验人员，美国可以非常廉价地获取这些资料。1947年1月24日，美国发布“WX95147”号训令指示麦克阿瑟，要他获取并保守731部队的秘密。同年5月6日，麦克阿瑟致信华盛顿方面，他在信中婉转地说，石井的陈述只会作为情报，而不会被用作战争罪行的证据。据了解，石井四郎同麦克阿瑟在日本镰仓酒馆达成保护原731部队成员免予起诉的书面协定——《镰仓协定》。《镰仓协定》有三点重要内容：秘密报告仅限于美日少数人知晓，对苏联绝对保密;保护日本研究人员不受起诉;美日人员商量建立细菌战实验室。
就这样，罪大恶极的石井四郎等人不仅没有伏法，反而成了美国的座上宾。为庇护这群战犯们，美国还开动宣传机器，宣称日军细菌战受害者的证词是共产党的宣传伎俩。英国剑桥大学历史讲师理查德•德雷顿称，在美国安排下，石井四郎后来前往美国马里兰州，充当生物武器研究顾问。有说法称，《镰仓协定》签署后，美方按照协定聘请石井四郎为德特里克堡高级顾问，并将那里的一栋大楼命名为731，供石井四郎研究使用。后在石井四郎的怂恿下，德特里克堡最高负责人终于突破底线，在美国本土用活人进行细菌实验。
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