《论语》在秦代遭到查禁和焚毁，但在民间仍有流传。到了汉代，传下来的有三种版本：
《鲁论》，系由原来鲁国的经师保存下来的传本，用当时通用的文字书写(即今文)，共二十篇，篇目与今本《论语》相同。《鲁论》的传人有龚奋、夏侯胜、肖望之、韦贡、韦玄成等。
《齐论》，系由原来齐国的经师保存下来的传本，也是用当时通用的文字书写，共二十二篇，比《鲁论》多《问王》《知道》两篇，其他各篇，篇目和章句与今本《论语》大体相同。据清人王应麟考证，“问王”应作“问玉”，因古字“玉”作“王”(按：中间一横近上一横，和王字不同)，以致误作“问王”，王氏还找到了“问玉”的两篇佚文。《齐论》的传人有王吉、宋琦、贡禹、王卿、庸生等。
《古论》，《鲁论》和《齐论》都是用当时通用的隶书写的，所以叫今文本。汉景帝时，鲁共王刘余在扩建宫室时，从孔子的旧宅墙壁中得到用东周时通用的篆书书写的《论语》，是为古文本，称为《古论》。《古论》篇目与《鲁论》差不多，只是分割《尧曰》篇为《尧曰》、《子张》两篇，因而与原十九篇《子张》篇重复为二，全书共二十一篇，但是没有《齐论》的《问玉》、《知道》篇目。除此以外篇目次序也与《鲁论》有些不同。三国时何晏在《论语序》中说：“《古论》唯博士孔安国为之训解，而世不传。”现在只能从何晏的《论语集解》中了解一些它的章句差异，无法知道它的全貌。
三种《论语》在西汉时各有流传。西汉后期，有个安昌侯张禹，在研习《论语》时，把《鲁论》、《齐论》参酌比较，择善而从，重新整理为一个本子。这就是现今通行本《论语》的蓝本。关于张禹整理《论语》的经过，宋人邢昺有如下的叙述：“安昌侯张禹受《鲁论》于夏侯建，又从王吉、庸生受《齐论》，择善而从，号曰《张侯论》，最后而行于汉世，禹以授成帝，后汉包咸，周氏并为之章句，列于学官。郑玄就《鲁论》张、包、周三篇章考之《齐》《古》，为之注焉。”(《〈论语〉注疏》)《张侯论》的篇目，与《鲁论》相同，没有《齐论》中的《问玉》、《知道》两篇。汉成帝为皇太子时，张禹经太子太傅肖望之和博士郑宽中的推荐，成为向太子讲授《论语》的经师，他讲授《论语》时，用的就是他整理的《张侯论》，汉成帝即位后，张禹领尚书事，河平四年，代王商为丞相，封安昌侯。由于这种地位，《张侯论》为当时儒生所尊奉，学者多从张氏，“余家寝微”。东汉灵帝时的熹平石经《论语》部分就是根据《张侯论》刻的。后来大经学家郑玄又依据《张侯论》，并考之《齐论》、《古论》，为《论语》作注，以后《张侯论》即变成通行本《论语》，一直沿传到唐、宋、元、明、清。三国时何晏的《论语集解》、梁皇侃《论语集解义疏》、唐代韩愈的《论语笔解》、北宋邢昺《论语注疏》、南宋朱熹的《论语集注》、清人阮元《十三经注疏·论语》和近现代各种《论语》注解本，依据的都是《张侯论》。
《隋书·经籍志》说，张禹在整理《论语》时曾“删其烦惑”，除去《齐论》的《问玉》、《知道》两篇。许慎在《说文》中曾引述过《论语》的逸文，这证明张禹曾“删其烦惑”是有根据的。东汉末年的《论语》逸文，或许是张禹删掉的文句。《古论》、《齐论》皆早佚，清人马国翰《玉函山房辑佚书》辑有《古论语》、《齐论语》，可惜甚不完备，但可略知二者的文字差异以及它们与《鲁论》的文字差异。
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