据日本媒体报道，日菲两国并未掩盖此次磋商的目的。中国与菲律宾之间就南沙群岛主权问题存在争议，而南海对于日本而言也是重要的海上通道，在东海问题上，中日两国因为钓鱼岛问题也摩擦不断。为应对中国加强对东海和南海海域的主权诉求，日菲两国将定期举行政府间磋商，协调行动，推进合作，并确保日本在南海海域的航行自由和船只安全。此外，双方还就携手应对马六甲海峡和索马里海域的海盗问题达成了一致。日菲两国对于此次磋商均给予了较高重视，日本派出外务省、防卫省、海上保安厅等部门的负责人出席，菲律宾则派出其海洋主管部门海岸警备队的有关官员参加了磋商。

日本近年来对南海海域关注度大增，频频出手南海事务。日本海上自卫队7月曾联手美国和澳大利亚两国在文莱附近的南海海域举行了首次联合军事训练，在中国和南海海域附近一些国家因为领海问题出现争端的情况下，三国此举被认为是明显为了牵制中国，形成对华军事行动和舆论打压的包围圈。

日菲两国之间具有着广泛的政治经济联系和合作，人员往来频繁。现在，日本已超过中国大陆，成为菲律宾最大的出口对象国和进口对象国，据菲律宾国家统计局公布的2010年海外各国对菲律宾直接投资统计显示，日本对菲直接投资所占比重为29.8%，远远超过其他国家。经济方面密切如此，两国间的政治互动也十分紧密，菲律宾总统阿基诺三世在8月秘密访日期间，曾在日本政府的斡旋下，首次会晤了菲反政府武装的最高领导人，日本对菲的政治影响力由此可见一斑。另据日本有关方面的统计，目前工作和生活在日本的菲律宾人已经超过22万人。日菲两国之间没有领土和历史问题等方面悬而未决的争端，在这种背景下，双方加强联系和交往就显得顺畅了许多。

对于日菲两国举行此次有关亚洲地区海洋安全的首次副司局长级磋商，分析人士认为，对于日本来说，其图谋有三，一是进一步加强和菲律宾之间的合作和友谊，进而巩固和强化和东盟之间的关系，扩大其在东南亚事务中的发言权；二是通过插手南海事务，牵制和对抗中国，增加其在钓鱼岛问题上对华谈判的筹码，并在国际社会营造对华舆论的压制态势；三是由于同样在领土争端问题上，日本对韩国和俄罗斯的强硬态度束手无策，最近更是受俄罗斯在公海海域频繁和大尺度的军事活动的影响压力陡增，所以希望在东海和南海问题上能有所收获，以减轻其国内政治压力。而对于菲律宾而言，其时常周旋于中国、日本和美国等国家之间，利用各国之间存在的争议和矛盾，努力把自己做为各方争取的筹码，创造自己被利用的价值，以谋求自身利益的最大化。在南海问题上，中方主张通过两国之间的友好协商来解决争端，反对南海问题国际化，而菲律宾则主张诉至国际海洋法法庭，将该问题复杂化和扩大化。此次日菲两国间就南海问题展开政府间磋商，其目的就是为了使南海问题进一步复杂化。

分析人士普遍认为，南海问题和东海问题最重要的幕后推手是美国，今后这两个问题会如何演化，都和美国的立场密不可分。美国能不能平静地对待中国的和平崛起，能不能在国际事务中少些霸气，多些和气，都关乎着这些问题的最终解决。