主要表现在：
第一，生态农业强调利用种间关系、生态平衡、元素循环的原理处理病虫草与作物营养关系，强调的是和谐非对抗；转基因的理论基础是对抗，是灭杀，是对杂草害虫内外交困，将“农药厂”转移到庄稼内部。
第二，生态农业服务大众是广大的农民和城市消费者；转基因农业服务对象是转基因公司、少数转基因利益相关科学家意见化肥农药制药与销售商。
第三，生态农业尤其有机农业食品可放心食用，搞生态农业的非常乐意消费自己的食品，并极力动员自己的家人和亲朋好处食用生态农业食品或有机食品；转基因食品是充满健康风险的食品，转基因科学家忽悠别人吃，自己没有底气吃，尤其不敢动员自己的家人吃转基因食品。
第四，全国真正搞生态农业的科学家少之又少，研究经费少，是弱势群体；而全国搞转基因农业的大有人在，研究经费充足，是强势群体。尽管在国际上，这种怪现象是不存在的。
第五生态农业是可持续发展的是良性循环。，转基因农业是只顾眼前3-4年的利益是恶性发展，转基因基因的漂移造成基因污染。将来用于转基因的介质（非转基因种子）都没有了。没有了种子还有粮食吗，
第六、中国人口多、土地少，适用于生态农业。增加就业机会多。美国人口少、土地闲置多。像烟台的苹果，用人工套袋。品质好。美国的苹果就很少有套袋的。也就没有中国的苹果好看。美国的土地是广种薄收都行 。中国要精耕细作、才是中国农业的发展方向
第七、 欧盟对转基因农业关门了，美国、加拿大、日本、韩国、新西兰甚至非洲等对转基因敬而远之，唯有中国大搞转基因大跃进。这种反常现象，难道不值得中国农业部领导认真考虑吗？
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