在军事权方面，日据初台湾实施军政，总督由武官担任，并拥有军政军令两权，兵力的使用须向陆海军大臣报告。实施民政后，鉴于镇压台湾人民武装斗争的需要，台湾总督仍保留了若干军政权和军令权，规定：①总督于委任范围内统率陆海军;②总督于有关军政及陆海军军人军属之人事事务，承陆军大臣或海军大臣;有关防御作战及动员计划，承参谋总长、海军军令部长;有关陆军军队教育，承监军，分别处理之;③总督掌理其管辖区域内之防备事宜;④总督认为为了保持关系区内之安宁秩序有必要时，得使用兵力;并立即向内阁总理大臣、陆军大臣、海军大臣、参谋总长及海军令部长报告;⑤总督就其认为有必要之地域内，得令该地守备队长或驻在武官兼掌民政业务。1919年后,据修订后的《台湾总督府官制》，总督不再仅限武官，文官亦可担任，于是台湾的军事权也转移到新设的台湾军司令，总督调动军队“得向陆海军司令官请求”。黄昭堂：《台湾总督府》，自由时代出版社，台北，1989，第210页。但若由武官担任总督，则亦可兼任台湾军司令。受到日本国内军部势力横行的影响，在台湾，以台湾军为代表的军方势力与以总督为代表的文官势力之间也不时发生摩擦，特别是在有关岛内镇压民族运动及向岛外扩张方面，尤为明显。
至于行政权方面，总督依法为台湾的最高行政长官，所有行政权力均归总督一人，总督还拥有府令制定权。其辖下之民政局长(后改称民政长官、总务长官)辅佐总督主持政务，总督府各局长亦无独立的权限，皆为总督的辅佐幕僚。交通、专卖、税关、监狱、医院、大学、研究所及临时性的如抚垦署、临时土地调查局等同样直属总督管理，受其指挥监督。总督若认为下级官厅的命令或处分有违成规、危害公益，或侵犯权限时，得停止或取消该命令或处分。李鸿禧：《日治时期台湾法制问题的症结——实施宪政的“一国两制”》，收入台湾法学会《台湾法制一百年论文集》，台北，1996。在台湾，总督为亲任官，民政长官为高等官，各局长、州知事等多为敕任，地方厅长、州部长等为奏任，总督府本部的官补、技手、大学助教授及地方的警部等均为判任官。总督依法得直接处置判任以下之官员。但对奏任以上的官员任免，须由各主管大臣上呈报批。然而，在实际运作中，由于总督是殖民地的现地长官，有关各级官员的任用大多得尊重总督的建议。与此同时，台湾总督还拥有对所属文官惩戒权，但若牵涉敕任以上官员则须呈报待批。由此看来，在行政权方面，尽管总督对官吏的任免在制度上受到一定的限制，但在实际运作中台湾总督的权力还是很大的，正是这样，台湾总督的政令才得以更加顺畅地施行。
第二部分警察统治网络的形成(1)
日本殖民者为维持其在台湾的殖民统治，充分运用了警察这一暴力机器，在台湾全岛建立了遍及社会各个角落的万能的警察统治网络，从而形成名副其实的警察政治社会，它构成台湾总督专制统治的有力支柱。
日本初任总督桦山资纪统治时期，台湾正处于台湾人民反割台斗争和初期抗日武装斗争的烽火硝烟之中，为此，日本殖民者在台湾实施军政。《台湾总督府条例》第二条规定:“参谋长辅佐总督监督总督府内各局之业务，各局长有需报告总督时，须先经参谋长之承认。”军人拥有相当大的权力，地方各项事务则由宪兵队负责。警察在台湾的出现虽然很早，1895年6月依警保课长千千岩一的建议着手创设警察，9～10月间从日本国内招募700余人，置于台北及澎湖等地区。桂太郎、乃木希典时代予以扩充，同时废除宪兵队，统一地方治安事权。为防止通译制度的种种弊病，还早在1895年6月25日以警察辅助员的名义招募31名台湾人充任警察，是为台人任警察官之始。向山宽夫：《日本统治下台湾民族运动史》，中央经济研究所，东京，1987，第83、227页。
乃木希典时代，为镇压台湾人民的武装斗争，实施所谓“三段警备制”，将台湾全岛分为三种地域：山地“匪乱”频仍，交由军队负责;平地治安良好，以警察治之;二者交接之处，则由警察与军队共同管辖。这一制度的指导思想仍然是以军队为主、警察为辅来维持社会治安。但是，在实际的运作过程中出现了种种矛盾之处，由于责权不清，交叉盘结，往往治安维持的效果更差，不能达到日本殖民者所预期的目标。
1898年2月,儿玉源太郎出任台湾总督，针对台湾军人势力跋扈及地方治安混乱的局面，决心整顿、充实和统一警察机构。5月25日，儿玉在给地方长官的训示中强调:“防备祸害(按指抗日军)的机关有宪兵与警察两种——民政上毋宁是警察更适任”，消灭抗日军的关键“在于警察的妙用”。许世楷：《日本统治下的台湾》，东京大学出版会，东京，1972，第103页。6月,发布《警察官及司狱官练习所官制》，强化警察力量，并要求警察重视台湾话的学习。1898年底废除“三段警备制”，治安完全交由警察来管理。1901年6月，总督府分全台为20个厅,“其厅长以普通文官任之,厅分总务、警务、税务三课,但总务、税务二事,亦多借警察之力助之。除支厅以警部为其长外，以下的官吏，全为警察官，一切政事皆由警察官施行，警察力大为扩张，成为民政之羽翼”。持地六三郎：《台湾殖民政策》，富山房，东京，1921，第49页。警察的人数也得到了大的扩张，1895年警部70人，巡查770人;1897年警部230人，巡查1200人;1898年警部257人，巡查3100人;1905年警部197人，警部补299人，巡查3237人，通译兼务等警官47人，计3876人。竹越与三郎：《台湾统治志》，博文馆，东京，1905，第246～248页。形成遍布全岛的警察网。竹越与三郎即描述道:“台湾百事草创，警务不止于此，法令之下达、日常生活、道路警卫、堡庄交通，以及自水利土工至起业生产，无一不需借助于警察之力。”他还说道:台湾的行政系统，“虽是总督府—各厅各课—人民，而事实上，总督透过警察与人民相接，以巡查充任税务、卫生、农政等诸般政事，人民耳目所见之官吏，唯有警察而已”。竹越与三郎：《台湾统治志》，第248页。法国人雷吉纳乐德·康在1906年考察台湾后写道:
(台湾)全岛都设有派出所，警察成为政府和本地人之间的主要媒介，日本警察在中国人的协助下累积了许多职务，他们大部分审理普通警察的案件，他们也征收赋税，有时甚至扮演邮差和教师的角色。在小小的辖区里面，他们是至高无上的主人，就是这样来管理他们的辖区居民。他们对居民的态度可以从他们所受的军事教育和追捕盗匪时养成的习惯感觉出来;日本警察几乎都是在昔日武士家庭里面雇用的，他们连自己本国的农民都瞧不起，福尔摩萨的农民更不用说了，他们通常对辖区居民专横霸道，市民对他们唯一的感觉是又恨又怕。雷吉纳乐德·康：《福尔摩萨考察报告》，“中研院”台湾史研究所筹备处，台北，2000，第8页。
雷吉纳乐德·康的记述虽然不一定那么精确，如这些警察大多并不来自武士家庭等，但警察在台湾人心目中属于“专横霸道”形象且人们对他们“又恨又怕”的心态，却是客观存在的事实。如此强大而又广泛的警察权力，在世界殖民地历史上也不多见。无怪乎盐见俊二称台湾是典型的“警察国家体制”。他说:“台湾的警察，实为台湾殖民地政策的重心所在。台湾的警察，除其本身固有的事务以外，而几乎辅助执行其它所有的行政。”参阅周宪文《台湾经济史》，开明书店，台北，1980，第973页。
第二部分警察统治网络的形成(2)
这种警察权力与行政管理相重叠的现象，最初应当说只是殖民地统治确立期日本殖民者直面台湾种种复杂政经局势的非常举措，但由于运用中发现“万能警察”在台湾统治中确可发挥很大功效，日本殖民者便将其制度化、日常化了。1920年，进入文官总督时代的田健治郎着手改革警政，其原意是欲使“普通行政事务划归普通文官负责，使警察得以发挥其本分的机能”。但这次改革方案对警察权力膨胀的状况触动并不大，警察的力量未见削弱，行政部门特别是地方基层单位中警察的干预和支配力仍无所不在，警察的数字亦形膨胀。1921年的全台警务人员，有警察事务官5人，警视21人，警部261人，警部补298人，巡查部长837人，平地勤务甲种巡查5022人，番地勤务乙种巡查1752人，警手3301人，合计11497人，占当时台湾官吏人数的3596%，地方行政官吏数的6527%。向山宽夫：《日本统治下台湾民族运动史》，中央经济研究所，东京，1987，第227页。
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