一是投入巨大产出低下。2013年，全国公共财政科技支出超过5000亿元，不到40年我国的财政科技投入增长了近100倍。与巨额投入形成鲜明对比的是近年来，我国真正世界级的科研成果和大师级的科学家还鲜有出现。与此同时，我国现代高科技企业却深受资金匮乏的困扰，包括腾讯、阿里巴巴等企业都被外资控股，这个时候就不知道科研经费跑哪里去了。完全可以说，中国5000亿的财政性科技投入，基本上都说属于肉包子打狗有去无回。
二是扭曲收入分配体系。中国的高校和科研院所基本上都是国有的，教师和科技人员都是在编事业人员，由政府提供工资、福利和退休金。从基本的职业道德角度而言，一女不能二嫁，拿一分钱就得干一份活，不能拿着东家的钱干着西家的活。没有科研经费的时候，大家都干着同样的活，收入差距有，但是不是很大。这样便于营造一种相对平等和谐的生活和工作环境。科研经费扭曲了正常收入分配体系。干同样的活，有人脑子活络去申请课题，拿了科研经费，生活有滋有味。老老实实从事教学的人，不去动歪脑筋，只能拿死工资。尤其是，现在科研经费每年不断猛增，逐步凌驾于正常的工资，从而对整个高校的正常收入分配体系造成严重扭曲。
三是冲击高校正常教学秩序。高校教师，包括讲师、副教授、教授，一言以蔽之，都应该从事教学工作，大学老师不从事教学工作，那还叫什么教授、还叫什么讲师?教学按照课时来计算，科研则是隐形资产无法衡量。在没有科研经费的时候，高校可以将科研与教学统一安排，科研也可以计算为多少教学量，这样大学正常教学秩序可以正常运转。科研经费把正常教学秩序搞得一塌糊涂。安心从事教学工作的人，申请不到科研经费，一心钻营不想从事教学工作的人则能申请到科研经费。导致安心从事教学的人越来越少，就是教学也是心不在焉，总想到去捞外快。甚至造成这样一种氛围：一个教授、副教授如果专心从事教授而不是专心所谓的科研的话，完全是一种无能的表现!就会遭到有形无形的排挤。大学本身也重视科研而忽视教学。为什么?因为大学教师申请到科研经费之后，高校可以提取管理费。如果高校教师没有申请科研经费却安心教学的话，高校就没法提取管理费了。大家都以为高校是教书育人的地方，其实不然，现在大学做的都是生意，满脑子想的就是千方百计赚钱!
四是造成学风浮躁影响真正科研。做学问很辛苦，要花费很大力气和心血的。古人说过很多类似的话：板凳要坐十年冷，文章不写一句空;为伊消得人憔悴;皓首穷经;苦心孤诣;头悬梁锥刺股，等等，反正要求耐得住寂寞忍得住孤单。只想哗众取宠一夜成名，这种人肯定是做不好学问的。当然搞学术研究未必那么复杂，说白了就是整天瞎琢磨。比如搞文学研究的，三十年如一日琢磨文学，就算是一头猪也能琢磨出一点东西，何况我们高校教师智力水平都是中等以上的。搞历史研究的，30年如一日的琢磨历史，谁还不能琢磨出一点东西出来?
国家给高校教师提供工资、福利和退休金，高校教师和科研人员自觉主动的进行教学和科研。这种收入分配体制其实是一种君子协定。你说高校教师这篇文章水平如何，不同的人有不同的看法，没有办法定量评价。高校教师写了一部著作，怎么衡量水平高下?没有办法评价。滥竽充数的肯定有，如果有50%的高校教师认真履职用心科研，经过10年、20年必有小成就。30、50年必有大成就。我们要有这种耐心，要相信高校教师能够自觉的投身科研，而不是为了单纯的科研经费搞科研。
科研经费把整个高校搞得像喧闹的名利场。每个人不是安安静静的搞研究，不是安安静静的从事教学，而是满脑子的想着申请科研经费，想着怎么搞钱。如果你不加入这种潮流，高校里就没有你的位置，就会被边缘化。加入这种游戏呢?你会发现搞的不是真正的科研，而是不断的填写申请报告，不断跑关系拉项目。然后一年就要结题出成果，写的文章也是八股文，自己的才华、心血并没有得到这种的体现。这还叫那门子的科研?这完全是科技部门与大学、大学教师玩的三方游戏，互相欺骗与被欺骗!
五是人为制造不公平竞争。公平竞争是社会主义市场经济秩序的应有之义。各类企业同时进入市场，同台竞技，优胜劣汰、适者生存，这就需要一个公平的市场环境。如果某些企业得到很多资源，而另外的企业却得不到相应的资源，那么就构成不公平竞争。政府给予企业的所谓科研经费则事实上人为制造不公平。同样的企业，有些会包装，就可以从不同的政府部门拿到所谓的科研经费或者转型升级补助，有些企业甚至专门钻政策的空子，不好好从事经营活动，只想骗取政府资金存活。而专心干实业、开拓市场的反而因为不善于包装，或者各种原因拿不到科研经费。科研经费的存在，事实上人为制造不公平竞争，对于构建健康、公平的市场经济秩序造成了危害。
六是滋生系统性腐败。中国科研经费在日常使用过程之中，虽然都号称严格管理，但是事实上管理都非常松懈，从而导致了严重的寻租空间。更有甚者，科技部、高校自身出台政策，将不合理现象合法化，从而导致了严重的系统性腐败。这里又分两类情况。一类是在现象政策下被定义为腐败的。比如虚列劳务费用、收集发票冲账、借壳套现等。比如原浙江大学水环境研究院院长陈英旭，利用国家科技重大专项“苕溪课题”总负责人的职务便利，采用编制虚假预算、虚假发票冲账，编制虚假账目等手段，将国拨科研经费900余万元冲账，划拨到自己实际控制的“壳公司”账户上。一类是科技部门和高校出台所谓的文件，将不合法事情合法化，比如有些科技部门出台政策给予高校转换科技成果奖励，有些高校出台政策允许高校教师拿所谓的专家咨询费，有些高校把口子开的很大，包括买房、买车、个人消费都都算作业务支出，甚至直接私分科研经费。这种打着合法旗号的腐败更加起到迷惑作用，应该从源头上得到治理。
总而言之，由于部分决策者没有充分认识到中国高校和科研体制与美国的根本不同之处，没有充分考虑中国国情，只知道盲目的照搬照抄。中国的科研资金过多过滥、各个部门多头管理、管理松懈不同程度的存在。每年5000亿的科研经费投入巨大，产出如此低下，到了不得不解决的地步了!解决的根本出路就是进一步理顺管理机制，取消叠床架屋的所谓科研经费。这就要求，在学校内部，由学校统一管理各类教学、工作、科研资金，取消各个项目组的小金库性质的科研经费。从国家层面上来讲，应该取消科技、教育、经信、发改多个部门对于科技资金的分散使用，改为财政资金一个口子，避免多头重复投入，杜绝国家财政资金的极大浪费。
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